漢代時的巴人所據核心區武陵地區，是一個相當完整的自然地理單元，它東臨湖廣盆地，西瀕四川盆地和漢中盆地，北沿漢江，南沿烏江、沅江，圍成一座面積約20萬平方公里的“以高山為群島”區域。漢高帝的“職方”大臣有足夠識別力，看透了這的自然地理，承認它的歷史人文，精當地統一命名為“武陵”。巴人后裔因據此山川而被稱為“武陵土人”，一再爆發對抗強大漢庭的戰爭，雖一再被殘酷鎮壓，終未屈服。

東漢建武二十三年（公元47年），武陵郡土人“五溪蠻”酋長相單程起義，自為“渠帥”，據險抗擊官軍，于武溪（今瀘溪和辰溪一帶）全殲威武將軍劉尚以下萬余人。東漢建武二十四年（公元48年），再攻下臨沅（今常德）。 東漢建武二十五年（公元49年），漢遣剛在越南取得大勝的名將伏波將軍馬援等，率兵四萬余來攻討，溯沅江而上。因灘險水急，舟不能前。又逢盛暑，士卒多病歿，被困在沅陵壺頭山下。在不利的長期軍事對峙中，馬援為朝庭和政敵猜疑，最終郁郁死于熱病，武陵土人助成其完成了生前“馬革裹尸還”的愿望。監軍宋均被迫改用招撫。相單程等因饑荒少糧，才被迫投降。東漢元嘉元年（公元151年），武陵土人詹山，率眾四千余人起義，拘執縣令，屯聚深山。漢遣竇應明往攻，不能勝。東漢永興元年（公元153年），太守應奉往招撫詹山，義軍這才散降。

三國時期，“五溪蠻”起義，吳奮威將軍劉陽侯潘浚奉命統諸軍往討。兵至沅水中游，筑壘酉口側，斬萬余人，五溪遂平。

西晉建興三年（公元315年），杜稻遣將王貢，聯合五溪的苗、瑤族以舟師截斷官軍水道糧運，被荊州刺史陶侃擊敗；后因部將王貢叛變，杜稻被陶侃再次擊敗身死。

三國時，諸葛亮專門從巴人地區征召了一支古代的特種部隊“三千連弩士”，長期駐扎在漢中，那連弩，也不是被神化了的諸葛丞相發明的，而是巴人氏族部落的致命武器。巴人連弩士成了諸葛亮大軍的王牌威師，射殺曹魏名將張郃就是他們干的絕活。弩奇士的神話因此流傳了很多年。

到宋代，當蜀境一些少數民族起兵反叛，而官軍屢戰不勝時，朝廷首先就想起“歌舞以凌、殷人大潰”的巴人，將他們冠以“忠義勝軍”的稱號招募來，果然一戰平定蜀亂。南宋政和年間，蜀中茂州發生叛亂，駐守成都的將帥周燾一籌莫展，大詩人蘇東坡的侄兒蘇元志去獻策，說“只要招募巴人子弟去作戰，不用多，只消幾千人，就必勝無疑！”周燾采納了這個建議。果然，很快反叛者就投降了。宋徽宗聽說了這個消息非常高興，下旨讓巴人教授那些不會作戰的官軍們，叮囑“直到教會為止！”

至明時，巴人后裔仍顯示出驍勇善戰的特性。明嘉靖年間，因官軍的無能，應皇帝征召，湘鄂西各路土家土司率本部土家兵慷慨奔赴東南沿海，其中容美（今鶴峰）土司王田九霄與其年過八旬的老父田世爵出兵萬余人，一舉擊敗倭寇，明世宗親自為諸土司頒賜“東南第一戰功”匾額。這也是史上少見的對倭寇的爽快勝利。明末善騎射精詩詞的巴渝女杰秦良玉，在20歲時以比武招親的方式嫁給了漢伏波將軍馬援之后的石柱宣撫使馬千乘，30多歲喪夫后承襲石柱宣撫使，后因軍功升為總兵，是中國唯一正史登錄、并正式列入國家將軍編制的巾幗英雄。崇禎皇帝曾手賦詩四首贈贊秦良玉，并封誥命夫人、太子太保總鎮關防，軍功遠勝傳說中的從軍木蘭和楊門女將。從46歲起到55歲之齡，她曾萬里請纓馳騁遼東、在北京三次勤王，抗擊滿清入關，戰功卓著。她以石柱縣（石柱在利川之西，兩縣搭界）的巴人后裔土家子弟兵，組成勇猛強悍的數千“白桿兵”，在遼東、寧遠、山海關一帶抵抗滿清入侵，也曾任獨擋一面鎮守山海關的主將，與明末名將袁崇煥、盧象升打造的數萬“關寧鐵騎”一時齊名。

天啟元年（1621年）白桿兵和酉陽土司配合明軍，渡渾河與清兵血戰。是役雖因寡不敵眾，秦良玉的大哥邦屏陣亡，未能取勝，但卻在極艱苦的條件下殺敵數千，重創清兵，被除數譽為“遼左用兵來第一血戰”。當時的兵部尚書張鶴鳴曾經評說此戰：“渾河血戰，首功數千，實石砫、酉陽二土司功。”

崇楨二年（1629年）十二月，清兵繞道喜峰口，攻陷遵化，直抵北京城下。次年又向東攻占永平、灤州、遷安三城，形勢極為險峻。崇楨皇帝匆忙下詔征調天下兵馬勤王，并諭大臣們拿出自己的錢來充作軍餉，還將北京文武百官的馬匹充作軍需。秦良玉聞訊，火速“出家財濟餉”，兩次率白桿兵兼程北上。當時各地先后趕來的十余萬官軍，均屯駐在薊門近畿一帶，互相觀望，畏縮不前。獨秦良玉所部率先奮勇出擊，在友軍配合下，奮力收復永平、遵化等四城，解除了清兵對北京的威脅。

在張獻忠建立大西朝屠川和滿清鐵騎入關時，她以68歲高齡一直帶著“白桿兵”以石柱為基地守持家鄉，獨立抵抗著強大的外敵，直到她75歲去世時，她力所能及的勢力范圍，免遭荼毒于縱橫巴蜀大地的大西軍和滿清鐵騎之手。

再晚有鴉片戰爭時期（道光年間），年過七旬的清三江協副將陳連升與其子陳舉鵬（恩施鶴峰縣鄔陽關人）率600余官兵追隨民族英雄林則徐、關天培，守虎門沙角炮臺誓死抗英，1841年1月7日父子一同以身殉國。

至清中“改土歸流”漢族人大量遷入后，“土家”開始成為族的稱謂出現。為區別于后遷入混居的漢人，土家族人開始自稱為“比茲卡”，意思是“本地人”，強調他們原住民的主人身份。

三峽地區歷史上先后出現過6次大規模移民潮，最早可追溯到夏末商初。《山海經》載：“（夏）耕……乃降于巫山。”這是指中原地區的夏耕部族，在與其他部落的戰爭失敗后，從千里迢迢的中原來到巫山即今天的三峽地區。而此前最近的移民潮是歷史上兩次著名的“湖廣填四川”。到近年三峽工程遷建、蓄水，原來居住在秭歸、巴東、巫山、奉節、云陽、萬縣、涪陵等巴人核心區的居民100多萬人，因為環境容量的問題，大部分被外遷，分散到全國20多個省市自治區。似乎是上天注定了巴人及其后裔們萬年漂泊的命運。

今天土家人常在巴人祖山武落鐘離山舉行祭拜活動。近年在長陽武落鐘離山以東的清江河谷臺地上，出土了一萬多件巴文物，使得劉向在《世本》中的有關巴人祖居地的記載，得到了客觀的佐證，這里是巴人的核心區。缺乏文字記載的峽江巴人歷史，正隨著實證考古的深入而逐漸顯露。

近年三峽工程移民遷建，發掘出大量的巴人遺址與器物，其中造型獨特的柳葉巴劍數量很多，這是巴人勇猛尚武與男子人人帶劍的部族習俗體現。在三峽博物館“遠古巴渝”展廳，陳列著一柄令全球專家關注的青銅劍。2002年9月，這把劍出土于涪陵小田溪，重慶市考古隊在地下30米深處一個戰國巴王墓葬里發現了它。它長不過70厘米，劍脊厚重，形似柳葉，其柔韌性居然可以大幅度彎曲而又自動復原，其鋒利足以輕易破肉見血。當時在現場的重慶師大教授鮮于煌驚呼：“這可算是真正的中華第一劍了！”

考古還新發現巴人遺址和墓地百余處，巴文化以從商周到戰國的完整序列呈現在世人面前，將過去通過戰國晚期墓葬所知的巴文化推進到春秋時代。巫山縣雙堰塘遺址、忠縣哨棚嘴等遺址群、云陽縣李家壩遺址、開縣余家壩遺址，文化內涵豐富，表明這里曾為商至漢初時期巴人的中心活動地帶。

從考古發現的材料來看，巴人在三峽地區各條長江支流上建立了相當多的聚居點，并留下眾多的戰士墓葬。巫山大寧河谷曾是巴人早期的活動中心地帶，這一帶也存在多處井鹽文明遺存。云陽和開縣的澎溪河一線已發掘出200多座巴族戰士的墓，涪陵小田溪曾出土了中國第一套共14枚的戰國編鐘，印證了史書上關于巴人“先王陵墓多在枳”的說法。

最近陜西商洛地區考古專家在探尋商洛900多個人工開鑿神秘洞窟起源時，又有了解讀“巴人失蹤之謎”的驚人發現。商洛山發現的系列神秘洞窟均面山臨水，故進洞須越過湍急的河流。洞室呈長方形，四壁平整，人工開鑿痕跡清晰。考古專家分析認為，這是巴人部族遷入秦嶺大巴山地區避禍之所，這里，也許就是巴人某支的最后歸宿。甚至有人提出了“不知有漢，無論魏晉”的“桃花源是否典出于此”的說法——學者宮玉海經研究大量古籍，認為陶淵明根據傳說寫的《桃花源記》，寫的就是巴人“避秦”。

巴人消亡的核心秘密，正在因實證考古的發現，逐漸顯露在世人面前。

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